Investigación Reproducible con RMarkdown

class: left

.title[Investigación Reproducible con _RMarkdown_]

.sub-title[R para el Análisis de Datos]

.left-bordered[
.date[ABRIL 10, 2023]

.author[Marcelo J. Molinatti S.]
]

.left[
<a href="https://github.com/Ryuta2329"><img src="../img/github.png" width="20px", height="20px" />&nbsp; Ryuta2329</a><br><a href="https://www.linkedin.com/in/marmolinattis/"><img src="../img/linkedin.png" width="20px", height="20px" />&nbsp; @marmolinattis</a>
]

---

class: inverse, center, middle, animated, slideInRight, slideOutLeft

# Investigación Reproducible

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class: left, animated, slideInRight

# Investigación Reproducible.

---
class: left

# Investigación Reproducible.

.animate__animated.animate__slideInRight[
La investigación reporducible trata (_surprise, surprise!_) sobre la reproducibilidad (_Duh!_): 
Reproducibilidad de los analisis de datos usados de forma general en la investigación científica y/o el desarrollo de modelos de _Machine Learning_.

.center[
<img src="https://media.tenor.com/-JIgHIMq1u8AAAAC/cool.gif" width="50%" />
]
]

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class: left

# Investigación Reproducible.

La investigación reporducible trata (_surprise, surprise!_) sobre la reproducibilidad (_Duh!_): 
Reproducibilidad de los analisis de datos usados de forma general en la investigación científica y/o el desarrollo de modelos de _Machine Learning_.

.center[
<img src="https://media.tenor.com/-JIgHIMq1u8AAAAC/cool.gif" width="50%" />
]

.scrollable2.animate__animated.animate__slideInRight[
No tiene que ver con código o programación. Es más bien un conjunto de normas que buscan establecer _Buenas Prácticas de Análisis de Datos_.
Esto se logra:

1. Creando Proyectos Auto-Contenidos. 
2. Usando herramientas de comunicación que faciliten la integración del análisis y la narrativa del análisis. 
]

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class: left

.animate__animated.animate__slideInRight[
_No es necesario ser cabeza dura._ No pasa nada si no te adhieres a estas prácticas...
]

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class: left

_No es necesario ser cabeza dura._ No pasa nada si no te adhieres a estas prácticas...

.scrollable.animate__animated.animate__slideInRight[

...o puede que si! 🙀 😨

<blockquote class="twitter-tweet"><p lang="en" dir="ltr">The only two things that make <a href="https://twitter.com/JennyBryan?ref_src=twsrc%5Etfw">@JennyBryan</a> 😤😠🤯. Instead use projects + here::here() <a href="https://twitter.com/hashtag/rstats?src=hash&amp;ref_src=twsrc%5Etfw">#rstats</a> <a href="https://t.co/GwxnHePL4n">pic.twitter.com/GwxnHePL4n</a></p>&mdash; Hadley Wickham (@hadleywickham) <a href="https://twitter.com/hadleywickham/status/940021008764846080?ref_src=twsrc%5Etfw">December 11, 2017</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script>

Al final la importancia depende de como usaras tu codigo: si se trata de un trabajo que de antemano sabes solo usaras tu y que no correras fuera de tu propia computadora/laptop, esta bien no seguir estas practicas y ser feliz.

Probablemente tu yo del futuro te maldecirá. Y él no será tan feliz.

.center[
<img src="../img/Screenshot-from-2023-04-09-18-12-20.png" width="50%" />
]
]

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class: left

.animate__animated.animate__slideInRight[
# Investigación Reproducible.

.left-column[**Algunas Ventajas de usar Rmarkdown**]
]

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class: left

# Investigación Reproducible.

.left-column[**Algunas Ventajas de usar Rmarkdown**]

.animate__animated.animate__slideInRight[
.right-column[
<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;width:1em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#F97B64;overflow:visible;position:relative;"><path d="M243.8 339.8C232.9 350.7 215.1 350.7 204.2 339.8L140.2 275.8C129.3 264.9 129.3 247.1 140.2 236.2C151.1 225.3 168.9 225.3 179.8 236.2L224 280.4L332.2 172.2C343.1 161.3 360.9 161.3 371.8 172.2C382.7 183.1 382.7 200.9 371.8 211.8L243.8 339.8zM512 256C512 397.4 397.4 512 256 512C114.6 512 0 397.4 0 256C0 114.6 114.6 0 256 0C397.4 0 512 114.6 512 256zM256 48C141.1 48 48 141.1 48 256C48 370.9 141.1 464 256 464C370.9 464 464 370.9 464 256C464 141.1 370.9 48 256 48z"/></svg> Mayor probabilidad de que la investigación sea correcta.
]
]

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class: left

# Investigación Reproducible.

.left-column[**Algunas Ventajas de usar Rmarkdown**]

.right-column[
<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;width:1em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#F97B64;overflow:visible;position:relative;"><path d="M243.8 339.8C232.9 350.7 215.1 350.7 204.2 339.8L140.2 275.8C129.3 264.9 129.3 247.1 140.2 236.2C151.1 225.3 168.9 225.3 179.8 236.2L224 280.4L332.2 172.2C343.1 161.3 360.9 161.3 371.8 172.2C382.7 183.1 382.7 200.9 371.8 211.8L243.8 339.8zM512 256C512 397.4 397.4 512 256 512C114.6 512 0 397.4 0 256C0 114.6 114.6 0 256 0C397.4 0 512 114.6 512 256zM256 48C141.1 48 48 141.1 48 256C48 370.9 141.1 464 256 464C370.9 464 464 370.9 464 256C464 141.1 370.9 48 256 48z"/></svg> Mayor probabilidad de que la investigación sea correcta.
]

.animate__animated.animate__slideInRight[
.right-column[
<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;width:1em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#F97B64;overflow:visible;position:relative;"><path d="M243.8 339.8C232.9 350.7 215.1 350.7 204.2 339.8L140.2 275.8C129.3 264.9 129.3 247.1 140.2 236.2C151.1 225.3 168.9 225.3 179.8 236.2L224 280.4L332.2 172.2C343.1 161.3 360.9 161.3 371.8 172.2C382.7 183.1 382.7 200.9 371.8 211.8L243.8 339.8zM512 256C512 397.4 397.4 512 256 512C114.6 512 0 397.4 0 256C0 114.6 114.6 0 256 0C397.4 0 512 114.6 512 256zM256 48C141.1 48 48 141.1 48 256C48 370.9 141.1 464 256 464C370.9 464 464 370.9 464 256C464 141.1 370.9 48 256 48z"/></svg> La reproducibilidad facilita la verificación de la investigación y hace más fácil reproducir la investigación de forma independiente.
]
]

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class: left

# Investigación Reproducible.

.left-column[**Algunas Ventajas de usar Rmarkdown**]

.right-column[
<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;width:1em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#F97B64;overflow:visible;position:relative;"><path d="M243.8 339.8C232.9 350.7 215.1 350.7 204.2 339.8L140.2 275.8C129.3 264.9 129.3 247.1 140.2 236.2C151.1 225.3 168.9 225.3 179.8 236.2L224 280.4L332.2 172.2C343.1 161.3 360.9 161.3 371.8 172.2C382.7 183.1 382.7 200.9 371.8 211.8L243.8 339.8zM512 256C512 397.4 397.4 512 256 512C114.6 512 0 397.4 0 256C0 114.6 114.6 0 256 0C397.4 0 512 114.6 512 256zM256 48C141.1 48 48 141.1 48 256C48 370.9 141.1 464 256 464C370.9 464 464 370.9 464 256C464 141.1 370.9 48 256 48z"/></svg> La reproducibilidad facilita la verificación de la investigación y hace más fácil reproducir la investigación de forma independiente.
]

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class: left

# Investigación Reproducible.

.left-column[**Algunas Ventajas de usar Rmarkdown**]

.right-column[
<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;width:1em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#F97B64;overflow:visible;position:relative;"><path d="M243.8 339.8C232.9 350.7 215.1 350.7 204.2 339.8L140.2 275.8C129.3 264.9 129.3 247.1 140.2 236.2C151.1 225.3 168.9 225.3 179.8 236.2L224 280.4L332.2 172.2C343.1 161.3 360.9 161.3 371.8 172.2C382.7 183.1 382.7 200.9 371.8 211.8L243.8 339.8zM512 256C512 397.4 397.4 512 256 512C114.6 512 0 397.4 0 256C0 114.6 114.6 0 256 0C397.4 0 512 114.6 512 256zM256 48C141.1 48 48 141.1 48 256C48 370.9 141.1 464 256 464C370.9 464 464 370.9 464 256C464 141.1 370.9 48 256 48z"/></svg> La reproducibilidad facilita la verificación de la investigación y hace más fácil reproducir la investigación de forma independiente.
]

.animate__animated.animate__slideInRight.right-column[
<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;width:1em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#F97B64;overflow:visible;position:relative;"><path d="M243.8 339.8C232.9 350.7 215.1 350.7 204.2 339.8L140.2 275.8C129.3 264.9 129.3 247.1 140.2 236.2C151.1 225.3 168.9 225.3 179.8 236.2L224 280.4L332.2 172.2C343.1 161.3 360.9 161.3 371.8 172.2C382.7 183.1 382.7 200.9 371.8 211.8L243.8 339.8zM512 256C512 397.4 397.4 512 256 512C114.6 512 0 397.4 0 256C0 114.6 114.6 0 256 0C397.4 0 512 114.6 512 256zM256 48C141.1 48 48 141.1 48 256C48 370.9 141.1 464 256 464C370.9 464 464 370.9 464 256C464 141.1 370.9 48 256 48z"/></svg> Generan código e instrucciones reutilizables que dan como resultado una mayor eficiencia. 
]

---
class: center, bottom, inverse

.animate__animated.animate__slideInRight[
<img src="../img/rmarkdown-image1.png" width="50%" />

# RMarkdown is here!
]

---
class: left

.animate__animated.animate__slideInRight[
# ¿Qué es RMarkdown?

.pull-left[
Es una forma de _Comunicación_ entre investigadores y programadores de R. Es una forma de hacer seguimiento y llevar registro de todas las cosas que no es posible colocar en un *script*. 
Más tecnicamente, es un _marco de trabajo de autoría unificado_ para la ciencia de datos. 
]

.pull-right.center[
<img src="../img/rmarkdown-image1.png" width="60%" />
]
]

---
class: left

# ¿Qué es RMarkdown?

.pull-right.center[
<img src="../img/rmarkdown-image1.png" width="60%" />
]

.animate__animated.animate__slideInRight.pull-left[
* El _script_ contiene el código de R con el análisis de datos.
* Contiene código, resultados y prosa para la generación de reportes (y mucho más!) de forma reproducible.
]

---
class: left

# ¿Qué es RMarkdown?

.pull-right.center[
<img src="../img/rmarkdown-image1.png" width="60%" />
]

.pull-left[
* El _script_ contiene el código de R con el análisis de datos.
* Contiene código, resultados y prosa para la generación de reportes (y mucho más!) de forma reproducible.
]

.animate__animated.animate__slideInRight.pull-right.left-bordered[
No solo para comunicación, sino que además sirve como medio colaborativo entre investigadores y como un entorno de trabajo donde registrar lo que haces y lo que piensas.
]

---
class: left, inverse

# _RMarkdown_: Para ver y para hablar...

---
class: left

.animate__animated.animate__slideInRight[
## Preparando R para manejar *RMarkdown*

* Para comenzar, debes instalar *Rmarkdown* de la forma usual: `install.packages("rmarkdown")`. 
* Si piensas usarlo para generar reportes en formato PDF, debes instalar LaTeX o instalar el paquete `tinytex` en R y luego usar `tinytex::install_tinytex()` (version ligera de LaTeX que te permite realizar el compilado).
* Necesitaras instalado *Pandoc* para poder generar los documentos. Puedes verificar si ya lo tienes instalado desde R usando: `rmarkdown::find_pandoc()`.
]

---
class: left

## Preparandonos para *RMarkdown*

.scrollable2.animate__animated.animate__slideInRight[
## Proceso de generación.

<img src="../img/RMarkdownFlow.png" width="100%" />
]

---
class: inverse, center, middle

.animate__animated.animate__slideInRight[
<svg preserveAspectRatio="none" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:8em;width:8em;vertical-align:-0.125em;margin-left:0.5em;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#1F4257;overflow:visible;position:relative;"><path d="M373.1 24.97C401.2-3.147 446.8-3.147 474.9 24.97L487 37.09C515.1 65.21 515.1 110.8 487 138.9L289.8 336.2C281.1 344.8 270.4 351.1 258.6 354.5L158.6 383.1C150.2 385.5 141.2 383.1 135 376.1C128.9 370.8 126.5 361.8 128.9 353.4L157.5 253.4C160.9 241.6 167.2 230.9 175.8 222.2L373.1 24.97zM440.1 58.91C431.6 49.54 416.4 49.54 407 58.91L377.9 88L424 134.1L453.1 104.1C462.5 95.6 462.5 80.4 453.1 71.03L440.1 58.91zM203.7 266.6L186.9 325.1L245.4 308.3C249.4 307.2 252.9 305.1 255.8 302.2L390.1 168L344 121.9L209.8 256.2C206.9 259.1 204.8 262.6 203.7 266.6zM200 64C213.3 64 224 74.75 224 88C224 101.3 213.3 112 200 112H88C65.91 112 48 129.9 48 152V424C48 446.1 65.91 464 88 464H360C382.1 464 400 446.1 400 424V312C400 298.7 410.7 288 424 288C437.3 288 448 298.7 448 312V424C448 472.6 408.6 512 360 512H88C39.4 512 0 472.6 0 424V152C0 103.4 39.4 64 88 64H200z"/></svg>

<br>

# Anatomía de *RMarkdown*.
]

---
class: left

.animate__animated.animate__slideInRight[
# Encabezado YAML

.pull-left[
Este encabezado contiene lo que se conoce como metadata: información sobre el documento y otras instrucciones que afectan el proceso de generación del documento (también llamado *rendering*). Este se coloca al inicio del documento:
]
]

---
class: left

# Encabezado YAML

.animate__animated.animate__slideInRight.pull-right.left-bordered.can-edit[
```
---
 title: "Yet another course on R!"
 author: "Marcelo Molinatti"
 date: 2021-01-19
 output: html_document
---
```
]

---
class: left

# Encabezado YAML

.pull-right.left-bordered.can-edit[
```
---
 title: "Yet another course on R!"
 author: "Marcelo Molinatti"
 date: 2021-01-19
 output: html_document
---
```
]

.animate__animated.animate__slideInRight[
.pull-left[
También puedes especificar argumentos para la salida de forma que puedas modificar ciertos aspectos del documento generado. Por ejemplo:
]

.pull-right.left-bordered.can-edit[
```
output:
 html_document:
  toc: true
  toc_depth: 2
```
]
]

---
class: left

.animate__animated.animate__slideInRight[
## Texto con formato.
]

---
class: left

## Texto con formato.

.animate__animated.animate__shakeY.panelset[
.panel[.panel-name[Secciones]

Los encabezados que permiten definir secciones y subsecciones utilizando los numerales `#`. 
* Un numeral indica un nivel o una sección del documento. 
* Dos numerales (`##`) indican una subsección o segundo nivel.
* Tres numerales (`###`) indican una subsubsección o tercer nivel nivel.

Por ejemplo:

```
# Materiales y Métodos

## Equipos y reactivos. {-}

## Cultivo de Microorganismo.

### Preparación del sustrato.
```

El `{-}` indica que la subsección `## Equipos y reactivos.` no va numerada.

]

.panel[.panel-name[Formato de texto]

Puedes enfatizar palabras (o *îtalizar*), encerrando la palabra o frase entre `*` (o `_`). Por ejemplo, `_RMarkdown_` se renderiza como _RMarkdown_.

Si utilizas dos `*` (o `_`) entonces la palabra o palabras son resaltadas en negritas (*boldface*). Por ejemplo, `**Importante**` se renderiza como **Importante**.

Puedes encerrar texto que se entiende como código entre `` ` ``. Por ejemplo, al escribir `install.packages(rmarkdown)`, lo hice como `` `install.packages(rmarkdown)` ``.

]

.panel[.panel-name[Listas]

También es posible realizar lista ordenadas (enumeradas) o no.

```
Esta es una lista no numerada:

* Este es el primer *item* de la lista.
* Este es el segundo *item*, el cual tiene otra lista no numerada anidada.
    * Este es el primer item de la sublista, anidada en el segundo *item*.
    * Este es el segundo *item* de la sublista.
* Otro *item* de la lista más externa.

Este es un ejemplo de una lista numerada u ordenada:

1. El primer *item* enumerado.
1. El segundo *item* numerado. Los número se incrementan automáticamente de forma que no te tienes que preocupar por la numeración de cada uno de los *items*.
```

]

.panel[.panel-name[Ecuaciones]

Se pueden añadir, siguiendo el formato de LaTeX, dentro de las lineas de texto (_inline_) o en modo presentación (_display_). 
* Para el primer caso, se usa un solo `$` a ambos lados de la ecuación, como en `$f(x) = x^2 - 5x + 1$`.
* Para el segundo caso, se usan dos `$` a ambos lados de la ecuación, como en: `$` `$f(x) = x^2 - 5x + 1$` `$` (sin los espacios en blanco entre signos `$`)

En el primer caso, se renderiza como `$f(x) = x^2 - 5x + 1$`; y en el segundo caso como:

`$$f(x) = x^2 - 5x + 1$$`

]
]
---
class: left

.animate__animated.animate__slideInRight[
## Fragmentos de Código (_chunk code_).

_Rmarkdown_ tiene la capacidad de añadir fragmentos de código R que se ejecutan.

Estos fragmentos pueden resultar en salidas (o *outputs*, como imágenes, tablas, datos, etc.) que se imprimen y se muestran en el documento generado por la función `render` al compilar el documento.

Para colocar un fragmento de código, colocas `{r }` encerrado entre tres `` ` ``.

`````markdown
```{r Simulacion, eval=FALSE}
# Simula 100 datos aleatorios de una distribución normal.
sim_data <- rnorm(100, mean = 14, sd = 1.2)

hist(sim_data)
```
`````
]

---
class: inverse, center, middle, animated, slideInRight, slideOutRight

# A donde ir a partir de aquí?

---
class: left, animated, slideInRight, slideOutRight

.pull-left[
[La guía definitiva de RMarkdown](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/) de Xie, Dervieux, and Riederer (2020) es un buen lugar para encontrar información detallada sobre las capacidades y limitaciones de _RMarkdown_: desde los básico, pasando por las posibilidades de documentos, hasta las extensiones y otros temas que podrían servir para ciertas aplicaciones.

No te quedes esperando y ve que puedes lograr. El limite es tu imaginación.

<p><cite>Xie, Y., J. J. Allaire, and G. Grolemund
(2018).
<em>R markdown: The definitive guide</em>.
CRC Press.</cite></p>
]

.pull-right[
<img src="https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/images/cover.png" width="100%" />
]

---
class: left, animated, slideInRight, slideOutLeft

.pull-left[
[El recetario de RMarkdown](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/) de Xie, Dervieux, and Riederer (2020) es una buena forma de empezar a _agarrar_ la idea, con ejemplos cortos y prácticos de uso de _RMarkdown_.

Que estas es esperando. Esos documentos no se vana escribir solos.

<p><cite><a id='bib-xie2020'></a><a href="#cite-xie2020">Xie, Y., C. Dervieux, and E. Riederer</a>
(2020).
<em>R markdown cookbook</em>.
CRC Press.</cite></p>
]

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<img src="https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/images/cover.png" width="100%" />
]

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.thanks[Gracias]

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.thanks[Gracias]

Presentación creada con el paquete xaringan de Yihui Xie.

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<a href="https://github.com/Ryuta2329"><img src="../img/github2.png" width="20px", height="20px" />&nbsp; Ryuta2329</a>
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<a href="https://www.linkedin.com/in/marmolinattis/"><img src="../img/linkedin2.png" width="20px", height="20px" />&nbsp; @marmolinattis</a>
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